911恐怖袭击至今16年，除了击毙发动恐袭的基地组织头目本·拉登、建立世贸中心博物馆之外，美国政府并未就这一事件向国人做出完整交代，包括参与恐袭的主犯尚未判刑，基地组织未被消灭，1100多死难者身份未获确认。
2003年，911恐袭的主犯、基地组织高级头目哈立德在巴基斯坦被捕，美国中央情报局把哈利德秘密关押数年后，将其送往关塔那摩监狱。对哈立德的审判由军事法庭负责，而审判至今没有进展。
关塔那摩军事法庭2008年提审哈立德等等五人，当时哈立德称他愿意被处决成为“烈士”。而在第二年，承诺要关闭关塔那摩监狱的奥巴马总统，叫停了对该监狱所有嫌犯的审判。奥巴马提议将哈立德等人转至纽约民事法庭接受审判，但在遇难者家属的抗议声中，国会否决了奥巴马的提案。
等到哈利德等五人再次接受法庭提审已经是2012年5月，审讯过程中，哈利德等人摘下翻译耳机，拒绝与法官交流，有人中途要求做礼拜。最大的问题在于，辩护律师声称，哈立德等人在狱中遭受了酷刑。
在今年8月的听证会上，检方表示希望此案能在2019年开始庭审。但参与案件的律师认为，哈立德等人的审判有太多问题，不确定他们是否能真正开始审判。就算哈利德等五名被告被判有罪，随后的上诉还将持续数年。
9·11恐袭后，美国对基地组织展开了复仇行动，发动了对阿富汗和伊拉克的战争，一年后，基地组织三分之一的领导人或被杀或被逮捕，2011年本·拉登被美军击毙.2014年，基地组织的伊拉克分支、现在的“伊斯兰国”（ISIS）取代基地组织，成为了圣战着的代表，使得基地组织存活至今，并连续不断的在美国、欧洲和世界各地发动恐怖袭击。
曾多年负责FBI反恐行动的雷维尔在接受《纽约客》采访时表示，如果“不解决根本问题”，基地组织将“继续发展”。阿联酋《国家报》的评论文章认为，美国不愿意承认2003年的伊拉克战争为恐怖组织崛起提供了土壤，也没有找到可以与极端主义思想抗衡的意识形态和叙事方式。
9·11恐袭造成2753人遇难，到目前，仅有1641人的身份得到确认，其他1100多人的遗体依然下落不明、身份也无法确认。为了从2万1900块遗体残骸中辨认遇难者，纽约法医办公室从今年开始使用了更为精密的DNA识别技术。
研究人员指出，辨认遇难者遗体之所以困难，是因为世贸中心的残骸中含有石棉、铅、玻璃、重金属、混凝土、有毒气体、细菌和飞机燃油残留等各种物质。除了增加辨别难度之外，这些物质还导致包括消防员、救援人员、清洁工在内的5400多人患上癌症，共有7万5000人因为911事件健康受损。
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