日本首相菅直人26日对中方提出的要求拒绝称：“不回应中国的道歉和赔偿要求。”日本外务省也发表讲话强硬表示：“中方要求没有任何根据。”外媒纷纷报道说：“放还中国船长不仅没有改善两国关系，反而使两国关系更加紧张。”
日本媒体纷纷主张恢复同美国之间的关系。他们主张，应该重新加强前首相鸠山由纪夫执政时期因冲绳美国海军陆战队基地问题而出现裂痕的美日同盟，在中国东海地区确保日本权益。《日本经济新闻》指出，此次事件获得的唯一外交成果就是，日本外相前原诚司23日在纽约与美国国务卿希拉里-克林顿举行会谈时，对方表示：“钓鱼岛（日本称间隔列岛）适用于《日美安保条约》。”
很多人指责日本政府在对中外交方面显得不成熟。他们指出，菅直人内阁中没有精通中国外交的人士。典型亲美派、新任外相前原诚司在担任民主党党首时期曾被中国政府列为“反中人士”。他在事发初期不断强调“依法处理”，阻断了外交、政治领域的迂回解决方式。
网上出现了数千条指责两国政府的留言，但主要报纸则保持冷静，意图平息激愤的社会氛围。发行量较大的日本报纸大都以“部分舆论可能歪曲整体社会氛围”为由，几乎不在报纸中反映网民舆论。但同时会通过民意调查和直接采访的方式了解国民舆论。
《每日新闻》25日在社论中指责称：“这一决定让人感觉日本被中国的外交态势压倒。”但同时也指出：“希望放还中国船长后中日之间紧张的外交关系能有所缓和。”《朝日新闻》就放还决定评价称：“在中国提高施压力度的时候放还，确实留下一些疑问。但这是顾全大局的决断，也是高度的政治判断。”
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