钓鱼岛争端升级导致日中关系持续紧张，也让日本经济受到直接拖累。摩根大通的报告分析称，日本经济在2012年最后两个季度将连续负增长，日本汽车业成为重灾区。日本媒体担心，日中摩擦呈长期化趋势，不少日本民众希望首相野田早日下台。
受钓鱼岛争端影响，日本经济被深深拖累。美国《商业周刊》7日援引摩根大通的报告称，中日两大经济体贸易总额高达3400亿美元，中日领土争端激化导致日本出口下降、前往日本的中国游客减少。摩根大通日本公司经济学家菅野雅明和安达正道预计，日本第四季度GDP将负增长0.8%，而非原先预计的零增长。摩根大通、摩根斯坦利和巴黎银行均预言，今年8月份日本出口较去年同期萎缩5.8%，为连续第三个月负增长，对中国的出口则下降9.9%，对欧盟更下降22.9%。日本经济在2012年最后两个季度将连续负增长。摩根大通经济学家表示，中国经济也可能因此受到不利影响，因为日本企业可能因此加速将其在中国投资、产能向亚洲其他国家转移。
日本汽车业成为重灾区。美国全国广播公司“财经频道”8日称，由于中国消费者在反日示威后对日本品牌避之唯恐不及，刚刚过去的第三季度，日本汽车整车对华出口估计下跌70%，而汽车零部件出口可能下跌40%。马自达日前表示，上个月在中国的销售业绩下降了35%，三菱汽车9月份在华销售业绩较去年同期下跌63%，而丰田8月份在华汽车交货量下降50%。法新社8日还称，由于中日关系持续紧张，日本日产、本田、丰田三大汽车品牌都计划在中国黄金周假期结束后削减在华一半产能，日产将暂停夜班，丰田和本田则将减少每天生产线运营时间，并放慢生产线流程速度，如果减产持续一个月，三大品牌将分别减产3 万-4万辆汽车。
日本《东京新闻》8日称，旅游业所受打击更加致命，因为近年来日本旅游业的增长一直拜中国游客增加所赐。中国游客人数激减，日本旅游景区发出了 “悲鸣”。英国《金融时报》称，今年4-6月，每名中国游客平均在日本消费2250美元，2011年3月日本地震和福岛核泄漏事故导致旅游业受重创，正是中国游客的增加让日本旅游业很快恢复元气，今年7月中国游客访日数量首次突破20万大关。但日本将钓鱼岛“国有化”后，6周内中国至冲绳旅游订单取消 4300份，且新订单寥寥无几。
美国《华尔街日报》7日引述日本高级投资官员菅原镇雄的话称，此前无人预料到中日钓鱼岛纠纷会影响经济至如此地步，“以往政治问题归政治问题，政冷经热是正常现象”，如今人们发现，越来越无法忽视政治危机对经济的影响。《日本经济新闻》担心，围绕钓鱼岛问题出现的日中紧张，是减速中的世界经济的巨大风险。世界第二和第三经济大国之间的冷战如果长期持续，可能导致继美国次贷危机、欧债危机之后的又一次世界经济危机。日本和中国拥有共同的责任，那就是超越偏狭的国家主义，防止恶性循环发生。
此外，日本《产经新闻》8日援引日本第11管区那霸海上保安总部的消息称，7日在钓鱼岛海域执行巡航任务的5艘中国公务船相继驶离该海域后，8 日上午，又有4艘中国海监船进入钓鱼岛水域进行巡航。日本海上保安厅巡逻船向中方船只发出“警告”，中国海监船再次反驳日方：“钓鱼岛及其周边附属岛屿是中国的固有领土，我方正在进行正常巡航。”报道称，这是中国公务船连续第8天在钓鱼岛附近海域巡航。
曾担任日本NHK电视台欧洲总局局长的记者大贯康雄撰文称，领土问题如果任由感情宣泄，将导致难以预想的结果。大贯称，日本必须对此有所觉悟，不是单凭增强军备就可以解决的。要想改善日中关系的现状，就应该尽快更换首相。日本民众也希望野田早日下台。日本TBS电视台公布了6日和7日的舆论调查结果，认为应该改善日中关系的人占40%，认为应该对中国强硬的占32%，认为安倍晋三适合担任日本首相的人占40%，认为野田适合担任首相的只有 29%。
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