马英九大赢了，影响最大的就是未来的两岸关系。台湾终于有机会脱离近八年来两岸的困局，有了重新再向前迈进的契机。
「一中市场、一中霸权、一党独霸」，是谢阵营选战最后的三大主轴。毫无疑问的，两岸关系是这次大选的最重要主轴。「一中市场」是个刻意曲解的真议题，但是双方并没有对此进行实质性的辩论，「一中霸权」是藉由西藏事件所强化的「主体意识」议题，由于马英九的痛批中共，化解了民进党对马英九可能的攻击；「一党独霸」可以是个辩论的好议题，但是民进党忙于绿卡事件，并没有对此做有深入的批判，最后，在人民对民进党八年执政失望、渴望改变的情绪下，民进党终于让出了全部执政权，总统这个「最后一席」也没有守住。
蓝绿双方在两岸政策的辩论中，「抹红」的选战技巧替换了实质的辩论。虽然从陈水扁以降的民进党精华，在2001年高度评价「两岸共同市场」，但是为了选举，把「两岸共同市场」完全抹红。谢长廷集中火力将马萧的「两岸共同市场」简化为「一中市场」，再将其与未来可能的失业、农产品、劳工、证照人士进入抢任务画上等号，企图以「恐惧」来获得「选票」。马英九则反覆地重申，未来「两岸共同市场」必然会以对等方式进行协商，更不会开放大陆劳工、农产品、考照等事。谢阵营其实完全了解「两岸共同市场」必须在平等协商基础下进行，但是为了选举，可以完全不理会马英九的解释，一直打到底，而且要求选民把总统大选做为「一中市场」的公投。「一中市场」或许为民进党在南部赢了一些选票，但是在中北部输的更多。谢长廷的严重败选，意味着人民恐惧民进党继续执政的程度还大于「一中市场」。
民进党的挫败，给了两岸关系发展的契机，马英九本来就着不必背负着陈水扁留下来意识型包袱席优势，在大胜二百万票后，更有机会为两岸创造一个新的布局。
首先，在技术性的事务方面，由于马、谢两方在大陆观光客与包机直飞上并没有重大歧见，所差的只是幅度与程度上的差别，换言之，适度对大陆的开放，是两党的共识，马英九先生既然获得了选举的胜利，很明确的，两岸之间商务开放的幅度将会加快、扩大。
国民党过去在连战主导之下，曾经多次与北京签署过共识声明与协议，当时在马英九担任国民党主席任内，也都表示会遵守。因此，马英九在当选之后，应该不会否定过去国共两党曾达成的共识。不过，未来两岸的协商可以退出国共论坛的框架集，而由海基或海协，或者其他政府授权的组织扮演需要的角色。相对于以往八年的民进党执政，马英九的大陆政策措施势必会让两岸交流更为活络与顺畅。
其次，在政治性事务方面，马英九的立场已经很清楚，两岸必须在对等、互惠的前提下开展，马英九个人从政以来所涉及两岸政策的立场，虽曾有调正，但基本上对九二共识中「一个中国、各自表述」的看法确是始终没有改变过，这是两岸今后得以恢复协商与接触的重要基础。
但是马英九在两岸关系根本问题上也必须无可回避地交待清楚。例如：国统会是否要重新运作？国家统一纲领是否仍然是国民党的核心文档？马英九对于「两岸和平协议」的基本立场与主张为何？另外，依照我国现有的宪法，外交、国防与两岸的权力属于总统，未来在权力的人事与结构上，国家安全会议与行政院在外交及两岸事务的权力归属为何？立法院如何监督马英九总统的两岸及外交政策？
两岸关系与外交关系是共生关系，如果两岸关系好转，双方在国际关系上的互容性自然增加。中国大陆如果想让两岸关系平稳发展，也必须让台湾在国际活动空间上有出现的机会。
即使入联公投与返联公投都没有过，但是由于立法院已通过「进联决议」，也由于进入联合国几乎是全民的共识，因此行政院必须遵照立法院的决议，继续推动进联合国事，不过，精通国际关系与国际法的马英九总统，应该会了解，两岸关系不能优化，「两岸和平协议」未能签署前，中华民国要进入联合国的可能性几乎微乎其微，因此，要到纽约，北京是一条必经之路。
马英九应该会舍弃「烽火外交」或「撞墙外交」，也不会以「迷航出访」的方式拼外交。马英九先生早期担任国民党副秘书长时推动的「政党外交」应该会成为推动「政治交往」的重要手腕。在对美任务方面，会以重建台美互信为首要任务，在对外任务方面，除了传统的经贸、文化关系强化以外，应该会加强以非政府间组织（NGO）的力量，做为对外拓展软权力的重要泉源。
整体而言，马英九的当选，打开了一个新的时代，国民党以往的立场、马英九个人过去的言行，都给了未来两岸关系开创契机的基础，现在要看的是，马英九总统是否能够展现它的魅力与气魄，带领人民突破两岸与国际的困局，中国大陆的领导人能否抓住这个重要的历史机遇，释出善意，共同为两岸人民创造和平与福祉。
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