马英九率领国民党重掌台湾政权，台海两岸的经贸政策将大幅松绑，马英九矢言促进两岸经贸关系正常化，打造两岸共同市场，意味停滞不前的两岸三通进程将有大突破。两岸一旦实行「三通」，客运及货运可直航往来，将令一直担当中介角色的香港受到严重冲击，尤以航空及物流业最受影响。两岸「三通」是大陆与台湾直接通邮、通商及通航，前两者基本上已开通，但直接通航则在民进党执政以来一直未实现，令两岸民众乘搭航机往来两岸，必须经过香港或其他第三地转机，航程时间迂回加长，货运上也须依赖香港作为中介角色。去年头十一月，台湾往来大陆产品经香港转口的贸易总金额高达221亿1千9百万美元（约1725亿港元），令香港受益甚丰。
打造台湾为亚洲枢纽
台湾政治气氛改变，马英九把开放「三通」列为首要任务，他前晚胜选后，在记者会上谈及两岸关系时强调：「两岸关系首先可由经济方面建立，消除障碍，包括先落实三通。」
根据马英九规划，在今年「五二○」就职后将立即宣布开放七个包括桃园中正、台中清泉岗、台北松山等直航的机场，以及开放货运直航的七个商港，包括基隆港、台北港、高雄港等。马英九欲打造台湾成为亚洲枢纽，订出直航时间表，今年七月一日前「周末包机」正式启航，年底前每日包机开始飞行，明年六月前把「包机」变成正式「班机」，即是两岸完全实现直航。
马英九也将尽速研商多项两岸经贸正常化措施，包括对大陆投资松绑，即解除厂商赴大陆投资的百分之四十比例上限。
两岸一旦开放三通，香港的中介角色将无形中被削弱，在此消彼长下，对香港经济会带来负面影响。物流业将首当其冲，货柜运输业职工会副主席谢浪估计，三通将令本港货柜处理量减少百分之五。据统计二○○七年，香港出口台湾的空运货物约达24523公吨，香港入口台湾的空运货物约达16万5460公吨，以重量计为全球第二，仅次於美国。
另外，三通后台湾乘客往大陆毋须在香港转机，预料乘客人数将减少约七十万人，而将来部分大陆旅客或直接转往台湾旅行，对香港旅游业影响难以估计。
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