铜锣湾书店五人失踪案惟一自愿公开面对传媒揭露事件真相的店长林荣基，指被拘禁与中央专案组调查涉及中国高层的敏感书籍有关，明言：「不是国安、不是派出所、不是军人，而是中央专案组」。时事评论员程翔和刘锐绍均指出，事件应涉及北京政治斗争，程翔更估计，中方是想藉查书店各人来揪出所谓「反习近平集团」。
中央专案组在反右运动已出现，正式出现则是在文化大革命期间，是为调查有关攻击时任领导人毛泽东的“反革命信件”而成立的中国共产党中央非常委员会案，其后泛指中央为处理某一重大或政治敏感事件而成立的专门工作小组，实行专案专办，并可直接向中央汇报，例如早前要求党主席习近平请辞下台的「倒习信件」、调查前政治局常委周永康和前重庆市委书记薄熙来的，都是中央专案组，指令来自中央领导人级别。
时事评论员刘锐绍指出，中央专案组多按领导人指示随意随机成立，调查涉及政治叛逆事宜，权力甚大，可由各部门抽调人手配合，可说是无法无天。今次却用在香港民间人士身上，甚为 吊诡，反映专案组被中央用作斗争的工具，又或是有人滥用权力。
另一时事评论员程翔17日亦在电台节目表示，事涉「中央专案组」，出乎他意料之外，而这个在文革时期被用作打击政敌的架构重新出现，令他不寒而栗。就此，亦显示事件属于政治事件，非法售书只是内地惯用以经济罪行包装政治事件的常见做法。
程翔续称，铜锣湾书店出版的书籍主要是反对或抨击习近平的，估计内地拘捕铜锣湾书店五人，是想透过书店揪出所谓「反习」集团涉及哪些人及其关连。林荣基昨晚在记者会上亦透露，办案人员更多是想知道有关撰写中国高层秘辛的作者是谁，又指有北京来人指骂他们的书是污蔑领导人，中国政府对他们这些人「绝不手软」。
铜锣湾书店事件爆发后，海外及香港传媒曾报道，事涉中共高层，由公安部具体执行，目的是打击被指日益猖獗的批评领导人的境外出版物，而香港可说是有关书籍的主要供应地，是中共不同派系斗争的消息发放场，并以「出口转内销」的方式传回内地。程翔认为，事件反映香港已经无可避免地卷入中国内地的政治斗争，不能置身事外。
铜锣湾书店五人自去年底起接连失踪，有香港永久居民身分的四人曾先后返回香港，向警方销案，但其中一名股东桂民海，现仍身处中国，其女儿接受美国传媒访问，称父亲亦是被中国人员绑架，呼吁中国放人。
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