中国财新网日前刊出长篇调查 “新冠病毒基因测序溯源：警报是何时拉响的”。这个报道2月29日打开链接时显示 “404”。后来被人移到谷歌刊出。该报道透露，去年底至少有9个病例样本采集送检。一个基金测序公司表示，他们在元旦接到电话，被要求销毁样本，不得公开。
一个承接武汉不明肺炎检测的基因测序公司人士透露，2020年1月1日，他接到湖北省卫健委一位官员的电话，通知他，武汉如有新冠肺炎的病例样本送检，不能再检；已有的病例样本必须销毁，不能对外透露样本信息，不能对外发布相关论文和相关数据，“如果你们在日后检测到了，一定要向我们报告”。
最初的武汉冠状病毒检测结果在12月27日出炉：那是12月15日在武汉中心医院住院的65岁男子的肺泡灌洗液的样本。此人12月18日被武汉市中心医院本院（南京路院区）急诊科收治入院，12月22日病情加重，进入ICU，用各种抗生素治疗无效。武汉市中心医院呼吸内科主任医师赵苏教授告诉财新记者，12月24日，呼吸内科一名副主任医师将这位病人的肺泡灌洗液样本送广州微远基因科技有限公司进行NGS检测，希望找出病原体。
广州微远基因实验室当天组装出接近完整的病毒基因组序列，数据同时也共享给了中国医科院病原所。“基本可以确认这个患者的样本里面确实有一个跟Bat SARS like coronavirus类似的新型病毒。” 该公司领导在12月27日、28日跟医院、疾控部门电话沟通，29日、30日亲自去武汉跟医院、疾控中心领导当面交流所有分析结果。
12月27日，一名41岁陈姓男子到武汉市中心医院南京路院区就诊。他没有去过汉口的华南海鲜市场，大概在12月16日开始发热，最高体温39.5°C，伴有心悸、胸闷、活动后呼吸困难，体力明显下降，12月22日在江夏区第一人民医院看病，没好转，27日转到武汉中心医院急诊科。”12月27日傍晚，患者在该院呼吸科ICU做支气管镜取样，这次的样本送往北京博奥医学检验所有限公司。
北京博奥医学检验所12月30日将送检报告反馈给了医生，检测结果是SARS冠状病毒。正是这份犯了小错误的检测报告引起武汉医生们注意，当晚武汉市中心医院眼科医生李文亮，武汉市红会医院神内科医生刘文，武汉协和医院肿瘤中心医生谢琳卡先后在同学同事群发文透露信息提醒大家注意防护——这3位医生此后都遭到警方训诫。
据《湖北日报》报道，12月30日这天，金银潭医院院长张定宇带领大家采集了该院最早收治的7名病人的支气管肺泡灌洗液，并送往中科院武汉病毒所进行检测。该病毒所随后在一封公开信《武汉病毒所全力开展新冠病毒肺炎科研攻关》中称，12月30日晚病毒所收到金银潭医院送来的不明肺炎样本，72小时攻关后，于2020年1月2日确定新冠病毒的全基因组序列，1月11日上传至GISAID上。
1月3日，上海公共卫生临床中心张永振教授团队收到来自武汉市中心医院的样本。1月5日凌晨，从样本中检测出一种新型SARS样冠状病毒，并通过高通量测序获得了该病毒的全基因组序列，证实武汉新型冠状病毒是历史上从未有过的。上海公卫中心当日立即向上海市卫健委和国家卫健委等主管部门报告，提醒他们新病毒与SARS同源，应是经呼吸道传播，建议在公共场合采取相应疾控防疫措施。
1月3日，国家卫健委办公厅发布了《重大突发传染病防控工作中加强生物样本资源及相关科研活动管理工作的通知》。针对近期武汉肺炎病例样本规定，各相关机构应按省级以上卫健行政部门的要求，向指定病原检测机构提供生物样本开展病原学检测，并做好交接手续；未经批准，不得擅自向其他机构和个人提供生物样本及其相关信息。至于哪些机构属于“指定病原检测机构”，文件未提。有病毒学家透露，甚至中科院武汉病毒所都一度被要求停止病原检测，销毁已有样本。
该报道说，1月11日，停止更新多日的武汉卫健委通报首次将“不明原因病毒性肺炎”更名为“新型冠状病毒感染的肺炎”，称截至2020年1月10日24时，初步诊断有新冠肺炎病例41例。同一天，湖北“两会”召开。至1月17日湖北“两会”结束，这个数字没有增加。
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