增设"吹哨人"奖励机制
修订草案又提出，国家对发现並报告具备传染病流行特征的不明原因聚集性疾病、新发传染病疫情的单位和个人，按照国家有关规定予以奖励；对经确认排除传染病疫情的，不予追究相关单位和个人责任。
对于新发传染病、具备传染病流行特征的不明原因聚集性疾病，在病原体、传染力、致病力等情况尚不明确时，县级以上人民政府经评估认为确有必要的，可预先采取甲类传染病预防、控制措施，同时立即上报上级人民政府。
修订草案还完善了传染病疫情监测、预警和报告制度。例如多渠道开展监测，建立临床医疗、疾病控制信息的互通共享制度，建立跨部门、跨地域的监测信息共享机制；明确各级各类机构的报告责任及时限要求，建立报告奖励和责任豁免制度。
建设方舱医院等做法上升为法律规定
在完善防控措施方面，草案要求建立由传染病专科医院、综合性医院、中医医院、院前急救机构、临时性救治场所等构成的综合救治体系，根据患者疾病分型和病情进展情况进行分级、分层、分流的救治。
此外，草案提出，将建设方舱医院等成功做法上升为法律规定，发挥中医药在传染病治疗中的作用。县级以上人民政府应当完善体育场馆、会展场馆、市民活动中心以及学校等公共基础设施的建设和改造，为重大疫情发生时的应急医疗救治和患者隔离需求预留接口，便于紧急需要时作为临时性救治场所或隔离区域迅速投入使用。
给予防疫人员适当津贴
草案还要求，对从事传染病预防、医疗、科研、教学、监督执法及现场处理疫情的人员，以及在生产、工作中接触传染病病原体的其他人员采取有效的卫生防护措施和医疗保健措施，给予适当津贴，並建立动态调整机制。
对直接参与国内传染病类突发公共卫生事件现场调查处置、患者救治、国境卫生检疫、动物防疫等各类一线工作的人员，以及政府选派直接参与国外重大传染病疫情防治工作的医疗和公共卫生等防控人员，根据工作风险、强度和时间给予临时性工作补助。
草案又加大了相关违法行为的处罚力度，並增加对个人和单位不配合实施传染病防控措施等情形的处罚规定等。
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