三年前由美国霍普金斯大学中亚—高加索研究所组织专家学者所做的「新疆工程」已开始发酵，已经由学术层面的探讨转而开始影响美国政界人士。
据悉，美国霍普金斯大学中亚—高加索研究所在纽约亨利．鲁斯基金会的资助下，由美国16位研究中国新疆问题的专家和学者──不少為美国政府的智库成员──发起了一个名為「新疆工程」的学术课题。新疆工程的主题可以从频繁出现的关键词表现出来，主要有：（中国的）殖民统治、独裁危机、汉人移民、真正的民族自治、民族自决、人权、对非汉人、穆斯林的歧视等。
据研究者表示，该工程对新疆歷史和现状的划分是以1884年新疆建省為界，声称在此之前，新疆从来就不是中国的一部分，在此之后，新疆成為中国的殖民地。「新疆工程的核心思想是：中国在新疆的主权的合法性大有问题，它為美国干涉中国内政，并有朝一日想动手肢解中国，将新疆分裂出去提供了理论依据。」
研究者指出，虽然新疆工程的主编声称没有任何政府背景，但研究机构本身為美国的思想库，因此，它很快就将影响到美国的政界人士，并最终影响到美国对新疆问题的决策。
「在美国，专家学者影响决策的程序一般是：学术论坛─政客清议─高层听政、议政─总统决断，新疆工程也正沿著这个轨跡向美国政界渗透，从美国总统布什六月五日接见热比亚一事应引起警惕。」
研究者认為，应该在新疆工程的理论还未被美国政界人士完全接受前，邀请他们到中国来实际察看，以事实改变他们头脑中对新疆问题的偏见。在新疆工程的编写过程中，有几位参与编写的学者曾与国内的学者进行过交流，国内学者以事实指出了他们文章中的许多被歪曲的事实，这些学者在研究了国内学者提供的资料后对相关内容进行了修改，这些内容出版时就相对比较客观。
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