南韩和美国当局正在就韩亚航空客机在旧金山失事的具体原因展开联合调查，但双方就事故原因存在意见分歧。美方间接将事故原因指向驾驶员操作不熟练，韩方则认为不应夸大事实。
南韩韩联社报导，目前美国的调查重点在失事客机的驾驶员，调查范围涉及到他们的驾驶方法、训练过程及驾驶经验等。这意味着美方把驾驶员操作失误的可能性作为调查焦点。
报导说，美国交通安全委员会(NTSB)连以失事客机的飞行数据记录器(俗称「黑盒子」)的初步分析为依据，公布了各时间段的飞机飞行高度和速度。但南韩专家认为，对黑盒子的分析工作还未完全结束的情况下就公布详细内容并不妥当。
南韩一位大学教授表示，读取黑盒子常常要花几个月，甚至是两年以上的时间。在事故发生的第二天起美方就公布调查结果，做法不同寻常。这会让人觉得是在把事故原因定格为驾驶员操作失误。另一位航空专家也表示，为了准确分析事故原因，除黑盒子外，还应对飞行员与机场塔台之间的对话录，有关人士的陈述等进行调查，如有必要，还应该对黑盒子不能记录的仪表盘缺陷等所有可能性进行调查。
南韩国土交通部航空政策室室长崔政浩9日指出，目前还不能根据NTSB公布的内容就推定飞机失事是因为驾驶员失误。
另据南韩「中央日报」报导，失事航班的几位南韩飞行员对航班失事的陈述也大相径庭。对再次起飞(go-around)时间和下降率是否异常、自动油门系统(auro-throttle)是否有启动等情况的表述出现差异。
南韩政府相关负责人表示，「飞行员在身体和精神上受到冲击，记忆可能不是很清晰」，他并表示「正在努力查明试图再次起飞的准确时间」。
报导说，美国NTSB在调查时向南韩机师们提了200多个问题，除当时的驾驶状况外，还包括上飞机前的个人活动、是否吃药、家庭负债状况以及是否购买保险等等。报导说，机师们对相当多的提问回答都称「记不清了」。
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