邓小平掌握军权后，王瑞林也水涨船高：于1983年2月升任中央办公厅副主任，中央军委主席办公室主任（副兵团职）。
1987年10月，在中共十三届一中全会上，邓小平再次当选连任中央军委主席。而王瑞林于次年9月被授予中将军衔。
邓 小平没有军委主席的职务了，但这不表明他对军权的把持真的放弃了。首先他安排了关系极爲密切的杨尚昆担任军委常务副主席，其弟弟杨白冰担任军委秘书长、总 政主任；其次邓小平安排了自己的大祕作爲掌控军权的第二条线：时任中央办公厅副主任的王瑞林，开始兼任中央军委纪委书记。
1992年10 月的中共十四大，邓小平控制军权的第一班底“杨家将”垮台，这第二条线的重要性顿时上升，王瑞林开始兼总政治部副主任、党委副书记。不过，在邓小平的棋盘 上，是让自己的老部下刘华清、张爱萍的老部下张震这两位老将军做主要监军班子，当军委副主席，而王瑞林仍然还是邓执掌兵符的“预备队”。
有媒体引述消息人士的说法称，对于“杨家将”失势，王瑞林和江泽民的第一智囊曾庆红起的作用最大。在中共十四大前，江泽民与“杨家将”的权力斗争正激烈， 邓小平南巡时又流露出对江泽民不搞改革的不满，当时江泽民的地位岌岌可危。曾庆红于是出面游说王瑞林倒向江泽民这一边，对王瑞林暗示，如果能把“杨家将” 搞倒，江泽民可让王当军委第一副主席。王瑞林于是向邓举报军委秘书长杨白冰开黑会密谋政变，并说“杨家将”两兄弟打算在邓去世后为“六四”翻桉，成功离间 了邓小平和杨家将的关系。
宗海仁在《第四代》一书中披露，曾庆红在几个“太子党”中腾转挪移，用变幻难测的高深政治手腕，一手导演了扳倒“杨家将”这齣政治大戏。虽然《第四代》在谈到“倒杨”时没有提到王瑞林，但大家都知道，邓小平最后同意江泽民来家中汇报军委工作，王瑞林是中办副主任兼中央军委纪委书记。据信王瑞林在曾庆红与邓朴方和邓家联系过程中，起着相当关键的作用。
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