中共八大之后，毛刘分歧越来越扩大了。终于，两人难以挽回地分道扬镳。中共党史上空前绝后的七千人大会，于1962年1月11日举行。不少党史研究者指出，这次大会上，刘的威望首次超过了毛。胡绩伟就说过：“有时觉得他（刘）比毛主席的理论水准、修养还要高一点。”
真正引起毛泽东极端不满的是1月27日，刘少奇在口头报告中的两个“三七开”：一个，是“三份天灾，七分人祸”；另一个，是“七分成绩，三分缺点和错误”。
毛 泽东1966年8月5日所写的《炮打司令部——我的一张大字报》中，除了勐批刘少奇“站在反动的资产阶级立场上，实行资产阶级专政，将无产阶级轰轰烈烈的 文化大革命运动打下去”，还特地扯到刘少奇机会主义的历史：“联想到1962年的右倾和1964年形‘左’实右的错误倾向，岂不是可以发人深醒的吗？”
1966年7月29日，刘少奇在群众大会上自我批评，自称“老革命遇到了新问题”，坐在台后的毛泽东嗤之以鼻：“什么老革命，是老反革命！”
1967年8月，天安门广场举行了百万人大会，中南海内，同时分别批斗刘、邓、陶。刘源兄妹也被押往现场，就连六岁的小妹妹也未能幸免。在长达两 个多小时的野蛮批斗中，刘少奇和妻子王光美受尽凌辱和摧残，被打得鼻青脸肿，父亲的鞋也被踩掉了一只，脚上只穿着袜子。
刘源回忆，批斗会到高潮，会场一片混乱，他的父母本来相距四五米，当时越打越近，在相距一米时，母亲突然一挣，向父亲扑了过去，抓住父亲的手，父亲也抓住了母亲的手——那是他们最后一次见面，他们在握手诀别。看见父母被人拉扯着、殴打着分开，刘源心里十分悲愤。
刘少奇被隔离后一段时候，只有刘源能接近他，给他端饭、洗毛巾、送药。父子俩只能在吃饭时间见一面，还严禁交谈。
有一天，刘少奇快吃完饭了，突然问刘源：“你妈妈在哪里？”因不允许交谈，刘源特别紧张，回答：“妈妈就在后面，就住在后面，你放心，她挺好。”又小声说：“他们不让我和你说话……”
1967年9月13日，刘源和刘平平、刘亭亭两姊妹，连同简单的行李卷，被抛上一辆卡车，赶出了中南海。
那是一段不堪回首的日子。在没饭吃的时候，刘源还曾与彭真的孩子一道去卖血，但因为没有身分証明，被医院拒绝。
1968 年，在毛泽东把学生赶下农村时节，刘源报了名。他后来回忆：“当时，我脑中既无响应号召的狂热，也无走向充满艰辛困苦的未知世界的恐惧。周围的一切对我都无所谓，说不定偏远的乡村倒能让我躲开喧嚣狂暴的环境与无法忍受的压力。”他到了山西省山阴县白坊村。
1972年，林彪事件之后，刘源兄妹给毛泽东写信，希望见爸爸妈妈。中央专案组传达了毛泽东的两条批示：父亲已死，可以见见妈妈。
“多少年来，我们找爸爸，怀着一线希望拼命找，没料想爸爸已死去三年了。我们没有眼泪，只有切齿的仇恨。”
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