方励之对大陆“六四”一代人的精神影响与号召能力无可置疑，对此，有人假设如果方励之公开支持学生民主运动，如果方励之能在“六四”民运后期的混乱状态中出任领导角色，必然能稳定当时的局面，“六四”的结局必然有所不同。
据《中国时报》4月8日报道，方励之以精神导师之姿，高高耸立在大陆“六四”一代人的思想中，二十三年过去，“六四”的错误有人讨论，关于方励之的角色与作为，自然也有人评说。
大陆专治民国史的专家傅国涌，对方励之在“六四”枪响之后避难美国大使馆，来年选择流亡海外就颇有不平。他认为，中国一百多年民主进程之所以如此坎坷艰难，原因就在于缺乏昂山素季(缅甸)、哈维尔(捷克)、金大中(韩国)这样的“民主殉道者”。
傅国涌提出的问题是“如果方励之六四后不出走”。他认为，如果方励之当时能坦然走出美国大使馆，充其量就是接受几年入监的命运，因为依当时的大陆民气与国际社会舆论，入狱只会带给他巨大的声誉。
可惜方励之最后仍然选择了出走。然而根据媒体报道，方励之曾经面对过这样的质疑，他当时解释，自己只是一个科学家，并不是一个政治人物。
关于方励之在“六四”期间的角色，有更多人提出责问。方励之当时对学运提出的政治主张，并没有明确表示支持，也与学运保持一定的距离，因此并未被划归“民运领袖”。
据了解，许多参与“六四”的学生，都是受了方励之的言语及精神感召而来，方励之在“六四”期间的回避学运态度，引来责难自是理所当然，难以避免。
责难者的反思是如果方励之公开支持学生民主运动，如果方励之能在“六四”民运后期的混乱状态中出任领导角色，必然能稳定当时的局面，“六四”的结局必然有所不同。
这些“如果”，都是大陆境内外民主人士对“六四”的相关反思，往者已矣，反观当下，目前仍然系狱的大陆异议作家刘晓波，在“六四”之后，不但做了非常深刻的反思，并且很早就已经下定决心，不论未来命运如何，绝对不会选择流亡。
刘晓波的选择，可能和方励之受到的质疑有关。如今，刘晓波得到了国际社会的肯定，获得了诺贝尔和平奖，并且在大陆民间享有极高的声誉。但究竟谁对、谁错，也只有历史才能做出最终裁判。
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